堆肥是細菌和真菌有機體達到的退化過程。 很多有機廚房、庭院、草坪，並且/或者農廠廢物在一相對短期可以減少到做一種理想的土壤調節劑的堆黑色，脆腐植質。

天然肥料有規律地添加到土壤一定將有益於土壤。 土壤的結構將改善，因為腐植質包含導致彙總的物質(同心協力)土壤微粒。 在黏土土壤這意味著微觀各自的微粒將一起被聚集，并且更多空域將被打開在叢之間。 不用這些空域黏土微粒彼此嚴密堅持，形成一個最近難貫穿的障礙水和氣體。 這就是為什麼，當它是濕和困難的，當乾燥時時，黏土是很粘性。

在含沙土壤，大沙子微粒聚集與腐植質，添加其營養素和濕氣藏品能力的腐植質。 通常，水和氮氣肥料從含沙土壤迅速浸出，使它必要頻繁地添加他們。

從天然肥料的一個較不廣泛被認可的福利是它包含幫助降低化合物自然當前在土壤到簡單形式工廠使用的腐殖和其他有機酸。 這些要素或者離子，可能由腐植質微粒然後拿著，在他們的表面包含許多離子交換站點。 離子被釋放到土壤水，并且工廠根能採取他們。

由於有許多離子交換站點在腐植質微粒，腐植質增加土壤的緩衝能力。 此情況幫助防止迅速浸出石灰和營養素並且減少在撒石灰和施肥過多的作用。 例如，當添加許多木頭灰增加土壤的酸碱度太多時，最經濟的方式更正情況一般將添加天然肥料，將吸收(佔去在表面)額外的離子生產高酸度值。 (天然肥料是有些酸的由於微生物做的酸性產品。)換句話說，堆肥緩衝其他土壤附加的作用。

堆肥，并且其他有機物啟用土壤黑褐色或稍帶黑并且增加heat-absorbing功能在小的程度上。 天然肥料在上面減少土壤侵蝕，因為它允許水過濾到更低的土壤層，而不是水坑然後逃跑。 此質量也減少用硬皮覆蓋土壤。 天然肥料為蚯蚓、土壤昆蟲和微生物，許多提供食物，其中，多年來，將幫助平衡較少理想的土壤動物區系的人口。 Mycorrhizal真菌，被證明通過他們的關聯有益於工廠與工廠根，也是多產的在高腐植質土壤。 終於，產品從工廠細分和動物廢物包含許多施肥要素在和他們自己，包括痕量元素不可得到從常用的綜合肥料。

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